Nastoletnia Samantha została porwana i uwięziona na piętnaście lat. Kiedy budzi się w szpitalu, niczego nie pamięta. Nikt nie wie, jak udało jej się uciec. Z pomocą policyjnego profilera, doktora Greena (Dustin Hoffman), próbuje odzyskać wspomnienia z tajemniczego labiryntu – więzienia, w którym porywacz zmuszał ją do rozwiązywania zagadek, stosując przerażający system nagród i kar. Równocześnie sprawcę próbuje odnaleźć bezkompromisowy detektyw Bruno Genko (Toni Servillo).

Potwór, który uwięził dziewczynę wciąż jest na wolności. Jedyny sposób, by złapać Człowieka z Labiryntu, to włamać się do umysłu Samanthy... Zaczyna się polowanie na oprawcę

Samantha budzi się ze złamaną nogą w pokoju bez okien. Nie wie kim jest, nie wie co się z nią działo. Tajemniczym pacjentem zajmuje się psycholog kryminalny doktor Green, który oświadcza przerażonej dziewczynie, że została porwana 15 lat temu. Lata poszukiwań nie przyniosły żadnego efektu, a do chwili jej tajemniczego powrotu nic nie było o niej wiadome. Jest przekonany, że zdoła przeniknąć do jej umysłu, aby uzyskać informacje, które pozwolą wyjść na trop odpowiedzialnego za jej porwanie przestępcy. Wspólnie starają się poukładać wspomnienia z tajemniczego labiryntu - podziemnego więzienia, w którym ktoś zmuszał ją do rozwiązywania zagadek, stosując przerażający system nagród i kar.
Oprócz Greena sprawą Samanthy zajmuje się prywatny detektyw Bruno Genko. Odnalezienie porywacza stanowiłoby dla niego doskonałe zwieńczenie wieloletniej kariery, gdyż dochodzenie, które prowadzi, ma stać się jego ostatnim. Próba rozwiązania tajemnicy Samanty przemienia się w pościg w labiryncie, w którym każda wskazówka może stanowić pułapkę, a za każdymi drzwiami może czaić się śmierć.